El medio físico Mondragó se localiza en la plataforma de marinas del levante mallorquín. La mayor parte de la zona está formada por depósitos marinos de tipo arrecifal y de manglar.

Vegetación Los distintos itinerarios señalizados en el parque permiten la observación de diversos tipos de comunidades vegetales. Aquí destacamos tres:

Humedales: En s'Amarador, llamado así porque sirvió de poza donde macerar o enriar cáñamo y lino, son abundantes los juncales, la cañiza y la enea. Sumergida encontramos la Ruppia maritima y comunidades de algas. En los márgenes crecen las alacraneras y los tamariscos. Las dunas: Sobre todo en s'Amarador es posible observar un buen ejemplo de vegetación típica de los sistemas dunares mediterráneos. Las primeras plantas fijadoras de la arena, en la primera duna, el barrón (Ammophila arenaria), el cardo corredor marino (Eryngium maritimum), las manzanillas bastardas (Helichrysum stoechas), la zamarrilla (Teucrium) y la azucena marina.
Los sabinares. Extremadamente particular de Mondragó es la comunidad de maquia que incorpora sabinas, precisamente porque crece sobre sustrato rocoso y no en dunas como es habitual en el resto de Mallorca. Aparece asociada a especies como el pino, el lentisco, el aladierno, carrizo, las jaras y el brezo.

Fauna Entre los reptiles, debe destacarse la tortuga mediterránea (Testudo hermanni), reintroducida tras haberse extinguido en la zona. También cabe reseñar la serpiente de matorral y la culebra viperina. Las lagunas son propicias para los anfibios, tanto la rana común como el sapo verde, pero sobre todo para las aves migratorias.

El parque de Mondragó presenta una gran variedad de paisajes