El medi físic Mondragó es localitza a la plataforma de marines del Llevant, la major part de la qual està formada per dipòsits marins superficials de tipus escull i manglar.

Vegetació Els distints itineraris senyalitzats al parc permeten observar diversos tipus de comunitats vegetals ben diferenciades. En destaquem tres:

• Zones humides: L’estany de s’Amarador i el de les Fonts de n’Alís són els ecosistemes més valuosos. A s’Amarador, anomenat així perquè s’hi amaraven lli i cànem, són abundants les jonqueres, el canyet i la bova. Submergida, trobam la brossa de Ruppia marítima i comunitats d’algues. Als marges, hi creixen halòfits com la Salicornia i tamarells.
• Les dunes: Sobretot a s’Amarador es pot observar una bona mostra de vegetació dunar. Els primers fixadors de duna, el borró (Ammophila), el card marí (Eryngium maritimum), la flor de tot l’any (Helichrysum stoechas), les lledànies (Teucrium) i el lliri blanc (Pancratium maritimum).
• Els savinars: Extremadament particular a Mondragó és la comunitat de garriga amb savines (Juniperus phoenicea) perquè es fa prop dels roquissars i no a les dunes com a d’altres indrets de Mallorca. Compareix associada amb pins, mates, aladerns, càrritx, estepes i xiprells.

La fauna Entre els rèptils cal destacar la tortuga de terra (Testudo hermanni) que ha estat protagonista d’un programa de reintroducció després d’extingir-se, la serp de garriga i la d’aigua. Els estanys són propicis als amfibis (granots i calàpets) i sobretot a un seguici d’aus migratòries.

El Parc de Mondragó presenta una gran varietat de paisatges